Trường phổ thông dân tộc nội trú huyện Bảo Yên được thành lập tại Quyết định số 4358/QĐ-UBND ngày 01 tháng 12 năm 2015 của UBND tỉnh Lào Cai, Trường phổ thông dân tộc nội trú huyện Bảo Yên là đơn vị sự nghiệp giáo dục công lập trực thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo Lào Cai; trường có hiệu trưởng và 02 hiệu phó và 48 cán bộ, giáo viên, nhân viên. Trường có tổng số 12 lớp, gồm: 02 lớp 6, 02 lớp 7, 02 lớp 8, 02 lớp 9, 02 lớp 10 và 02 lớp 11. Tổng số học sinh là 418 em. Kinh phí được ngân sách Nhà nước cấp là: Năm 2015 là: 8.456.508.100 đồng; năm 2016 là: 9.987.312.600 đồng; năm 2017 là: 12.062.872.400 đồng.
Qua thanh tra cho thấy việc mở sổ sách kế toán đầy đủ theo quy định; chứng từ kế toán cơ bản đảm bảo tính hợp lý, hợp lệ; ghi chép kịp thời nghiệp vụ kinh tế phát sinh; Trường đã xây dựng Quy chế chi tiêu nội bộ, hằng năm có sửa đổi, bổ sung phù hợp với tình hình thực tế của đơn vị và chính sách, chế độ Nhà nước quy định. Thực hiện thu chi cơ bản đúng theo Quy chế chi tiêu nội bộ và dự toán được cấp có thẩm quyền phê duyệt; Thực hiện chế độ đối với học sinh cơ bản đúng theo quy định tại Thông tư số 109/2009/TTLT/BTC-BGDĐT ngày 29/5/2009 của Liên Bộ Tài chính - GD&ĐT, qua đó đã góp phần nâng cao hiệu quả việc tổ chức các hoạt động giáo dục của nhà trường, nâng cao chất lượng giáo dục cho con em người dân tộc thiểu số; Các tổ chức đoàn thể và Ban Thanh tra nhân dân đã thực hiện tốt chức năng giám sát các hoạt động của trường; Đã thực hiện công khai thu, chi tài chính, thực hiện tốt nguyên tắc tập trung dân chủ trong nhà trường.
Bên cạnh đó Trường phổ thông dân tộc nội trú huyện Bảo Yên cùng còn những tồn tại hạn chế, khó khăn cần khắc phục là: Một số chứng từ mua công cụ, dụng cụ, vật tư, văn phòng phẩm, mới cấp phát đến bộ phận sử dụng, chưa cấp phát đến đối tượng trực tiếp sử dụng. Chứng từ chi sửa chữa Trường chưa thành lập tổ để xác định hạng mục, khối lượng cần sửa chữa, dẫn đến việc mua vật liệu và khối lượng thực hiện chưa đúng định mức xây dựng cơ bản. Qua công tác thanh tra cho thấy, Thông tư liên tịch 109/2009/TTLT/BTC-BGDĐT ban hành ngày 29 tháng 5 năm 2009 hướng dẫn một số chế độ tài chính đối với học sinh các trường phổ thông dân tộc nội trú và các trường dự bị đại học dân tộc tính đến thời điểm hiện nay một số nội dung không còn phù hợp như: Đối với đồng phục học sinh đề nghị cấp 02 bộ/năm học/học sinh; Nâng mức học bổng từ 0,8 mức lương tối thiểu lên 1.0; Bổ sung trang cấp đồ dùng cá nhân cho học sinh tuyển mới lớp 6, 10 thêm gối, chiếu; Tăng định mức chi mua sắm bổ sung, sửa chữa dụng cụ nhà ăn tập thể, bổ sung định mức mua đồ dùng phòng ở cho học sinh; Bổ sung thêm hạng mục sửa chữa phòng ở, sửa chữa điện nước khu kí túc xá, nhà ăn; Tăng định mức chi cho học sinh ở lại trường không về nhà trong dịp Tết nguyên đán và Tết cổ truyền của dân tộc. Mức lương chi trả cho nhân viên cấp dưỡng còn quá thấp không đảm nhu cầu cuộc sống hiện nay (Lương khởi điểm của nhân viên cấp dưỡng có hệ số là 1,00 + phụ cấp khu vực, ngoài ra không được hưởng thêm một khoản phụ cấp nào khác), do đó rất khó khăn cho việc tuyển dụng, thu hút lao động.
Đoàn thanh tra Ban Dân tộc đã chỉ ra những tồn tại hạn chế yêu cầu Trường phổ thông dân tộc nội trú huyện Bảo Yên khẩn trương khắc phục trong thời gian tới, đồng thời tiếp thu và kiến nghị cấp có thẩm quyền xem xét sửa đổi bổ sung Thông tư liên tịch 109/2009/TTLT/BTC-BGDĐT ban hành ngày 29 tháng 5 năm 2009 hướng dẫn một số chế độ tài chính đối với học sinh các trường phổ thông dân tộc nội trú và các trường dự bị đại học dân tộc./.